Il 13 ottobre (a 56 anni di distanza dal miracolo del sole a Fatima) avvenne la terza e ultima apparizione, nella quale la Beata Vergine diede dei tremendi dettagli sul castigo che si sarebbe abbattuto sull'umanità, facendo capire comunque che esso dipende dalla libertà degli uomini, i quali, con la loro conversione, possono evitarlo. "[...] Come ti ho detto, se gli uomini non si pentiranno e non miglioreranno se stessi, il Padre infliggerà un terribile castigo su tutta l'umanità. Sarà un castigo più grande del Diluvio, tale come non se ne è mai visto prima. Il fuoco cadrà dal cielo e spazzerà via una grande parte dell'umanità, i buoni come i cattivi, senza risparmiare né preti né fedeli. I sopravvissuti si troveranno così afflitti che invidieranno i morti. Le sole armi che vi restano sono il Rosario e il Segno lasciato da Mio Figlio. Recitate ogni giorno la preghiera del Rosario. Con il Rosario pregate per il Papa, i vescovi e i preti".
Come già nei messaggi ai tre pastorelli, la Vergine insiste quindi sulla recita del Rosario come arma decisiva per vincere il proprio combattimento spirituale e cooperare al disegno di salvezza. Il messaggio del 13 ottobre proseguiva soffermandosi sulla battaglia tra Bene e Male interna alla Chiesa nonché sulla dannazione eterna per chi muore impenitente. "L'opera del diavolo si insinuerà anche nella Chiesa in una maniera tale che si vedranno cardinali opporsi ad altri cardinali, e vescovi contro vescovi. I sacerdoti che mi venerano saranno disprezzati e ostacolati dai loro confratelli [...], chiese e altari saccheggiati. La Chiesa sarà piena di coloro che accettano compromessi e il demonio spingerà molti sacerdoti e anime consacrate a lasciare il servizio del Signore. Il demonio sarà implacabile specialmente contro le anime consacrate a Dio. Il pensiero della perdita di tante anime è la causa della mia tristezza. Se i peccati aumenteranno in numero e gravità, non ci sarà perdono per loro [...]. Prega molto la preghiera del Rosario. Solo io posso ancora salvarvi dalle calamità che si approssimano. Coloro che avranno fiducia in me saranno salvati".
